Gangguan Akibat Kekurangan Iodium (GAKI) merupakan masalah gizi yang dijumpai hampir diseluruh negara di dunia, baik di negara berkembang termasuk di Indonesia maupun negara maju. Terlebih lagi dinegara dengan wilayah yang terdiri dari dataran tinggi atau pegunungan. Akibat yang ditimbulkan oleh masalah ini bukan hanya dari segi kosmetik yang ditunjukan dengan benjolan yang membesar ( gondok) tetapi lebih jauh lagi berdampak pada kualitas SDM seperti IQ yang rendah,produktivitas yang rendah, bisu, tuli, kretin, cebol, bahkan terlahir cacat baik fisik maupun mental.
Program penanggulangan GAKI sudah berlangsung lama namun masih selalu ditemukan daerah endemik baru dan masih munculnya kretin baru. Berdasarkan hasil pemetaan GAKI tahun 2003, prevalensi TGR anak sekolah dasar sebesar 11,3%. Disisi lain, proporsi anak SD dengan kadar Ekskresi Yodium Urine (EYU) 300 ug/l sehingga berisiko hipertiroid. Ini menunjukkan masalah GAKI masih memerlukan perhatian khusus, untuk itu keberadaan lembaga BP2 GAKI sangat diperlukan. BP2 GAKI Magelang adalah Unit Pelaksanaan Teknis dari Badan Litbangkes yang ditetapkan dengan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor: 575/MENKES/SK/IV/2000 tanggal 10 April 2000 yang kemudian disempurnakan dengan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor: 1351/MENKES/PER/IX/2005 tanggal 14 September 2005, dan terakhir dirubah kembali dengan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: 2350/MENKES/PER/XI/2011 tanggal 22 November 2011 merupakan lembaga dengan kegiatan utama melakukan penelitian dan pengembangan untuk menunjang upaya penanggulangan masalah GAKI.
Pada tahun 1994 atas prakarsa prof.DR.dr.Darwin Karyadi dan Prof.DR.Muhilal dari Puslitbang Gizi Bogor dilakukan penelitian tentang pencegahan lahirnya kretin baru didaerah gondok endemik selama tiga tahun (biaya dari Riset Unggulan Terpadu II – Menristek) bekerjasama dengan FK-UGM Yogyakarta. Dari beberapa daerah gondok endemik, Kabupaten Magelang terpilih sebagai daerah untuk pelaksanaan penelitian tersebut karena Magelang adalah salah satu daerah gondok endemik berat di indonesia. Untuk mempermudah operasional penelitian didirikan pos penelitian di Desa Jumoyo, Kecamatan salam, Kabupaten Magelang terpilih sebagai salah satu daerah penelitian tersebut karena Magelang adalah salah satu daerah gondok endemik berat di Indonesia. Atas bantuan Pemerintahan Daerah Magelang pos penelitian dipindahkan ke lokasi bekas Puskesmas Borobudur.
Pada tahun 1999 Puslitbang Gizi melalui Kepala Badan Litbangkes mengusulkan Pos Penelitian GAKI untuk menjadi Balai penelitian GAKI kemudian ditetapkan dengan Keputusan Menkes Nomor:575/MENKES/SK/IV/2000 tanggal 10 April 2000 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian Gangguan Akibat Iodium di Kabupaten Magelang Propinsi Jawa Tengah yang disempurnakan dengan ditetapkan peraturan Menteri Kesehatan Nomor:1351/Menkes/PER/IX/2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian dan Pengembangan Gangguan Akibat Kekurangan Iodium di Kabupaten Magelang Propinsi Jawa Tengah.